- قلة توافر الخبراء في إدارة التعليم الإلكتروني.
- ضعف البيئة التشريعية والمعاير المعتمدة الخاصة بالتعليم الإلكتروني في وزارة التعليم العالي.
- صعوبة تغير فكرة التحول من أسلوب التعليم التقليدي إلى أسلوب التعلم الإلكتروني لدي المحاضرين.
- التكلفة العالية في تصميم وانتاج البرمجيات التعليمية Educational Software.
- النظرة التقليدية إلى التعليم الالكتروني التي تصنفه في مكانة أدنى من التعليم النظامي.
- ضعف البنية التحتية.